高位肛瘺是指瘺管位于外括約肌深部以上，可分為高位單純性肛瘺(只有一個瘺管)和高位復雜性肛瘺(有多個瘺口和瘺臂)。其中，高位復雜性肛瘺的癥狀主要有：

　　疼痛：平時一般疼痛不明顯。膿液積存于管腔內引流不暢時，局部脹痛，并有明顯壓痛，膿液引流后疼痛減輕。

　　腫塊：肛緣索條狀硬塊，常為患者的主訴之一，炎癥急性發作時外口若封閉，引流不暢時腫塊增大。

　　流膿：膿液多少與瘺管大小、長短及數目有關。新形成或炎癥急性發作期的瘺管膿多、味臭、色黃而濃厚，經久不愈的瘺管膿液較少或時有時無。膿液急劇增多，局部膿腫，體溫增高。常因肛瘺炎癥急性發作或有支管形成。結核性肛瘺膿液多而清稀，呈米泔水樣，可有干酪樣壞死物。

　　瘙癢：因肛內黏液分泌物增多或外口周圍膿液的刺激常致肛門皮膚遭殃或濕疹。